トキソプラズマ症が胎児に伝染する確率は、母親が感染した妊娠期間によって異なります。リスクは妊娠初期には低く、時間の経過とともに増加します。 それどころか、母親から胎児への感染が起こるとすぐに、子供によって報告された被害の深刻度はより大きくなります。 妊娠6ヵ月以内に感染した感染症の場合、自然流産、早産、または出生時の胎児は、脈絡網膜炎、水頭症（または小頭症）および頭蓋内石灰化を示すことがあります。 これらの神経学的徴候は、皮膚の発疹、視神経の萎縮、眼振、黄疸、心筋炎および肺炎と関連している可能性があります。
Toxoテストからの可能性があり確認された母親のトキソプラズマ症の場合、 Toxoplasma gondiiが実際に胎盤関門を通過して子供に感染したかどうかを知るために、 羊水穿刺が示されます（妊娠15週前ではありません）。 調査中に採取され、 ＰＣＲ （ポリメラーゼ連鎖反応）にかけられた羊水のサンプルは、寄生虫のＤＮＡの存在の可能性を確認することを可能にし、それによって胎児感染を診断する。 一方、 超音波検査 では、胎児の損傷 （頭蓋内石灰化、水頭症、肝腫大、子宮内発育遅延）の明確な兆候が見られることがあります。 出生後、 先天性トキソプラズマ症の疑いは基本的に血清学的調査と疾患の徴候の存在によって確認されます。それは数年後でさえも、特に治療がない場合に現れることがあります。
