ボツリヌス中毒の診断は 、実験室でのボツリヌス菌毒素の特定と、たとえ非特異的であっても臨床症状の観察に基づいています。 実際、この病気はギランバレー症候群、ポリオ、脳卒中、重症筋無力症、ダニ麻痺と混同されることがあります。
食物ボツリヌス中毒では、神経筋障害の写真と潜在的に汚染された食物の摂取は重要な手がかりです。 同じ食物を食べた少なくとも2人の患者における同時徴候は診断を単純化する。 確認は、疑わしい食品サンプルまたは患者の糞便の培養試験、ならびに食品または生物学的物質（血液、胃液および嘔吐物など）中のボツリヌス毒素の同定によって微生物を単離することによって得られる。
一方、 創傷ボツリヌス中毒では、血清毒素の診断または皮膚病変サンプルからのボツリヌス菌の単離によってこれが確認される。
