マールブルクウイルスの正確な起源はまだわかっていません。 現時点では、それが原因となっている疾患は、アフリカ大陸の1つ以上の在来動物によって維持されている人獣共通感染症である可能性があると考えられています。 しかしながら、今日までに行われた研究は、多くの脊椎動物および節足動物が分析されてきたが、疾患の天然の貯留層を同定することを可能にしていない。
世界保健機関（WHO）によると、 人間はウイルスの自然の循環の一部ではないので、伝染は基本的に他の感染した霊長類との偶然の接触から来るでしょう。 実際、ある種のサルを介した伝染が記録されており、おそらくマールブルクウイルスのための「増幅宿主」として作用している。 さらに、霊長類はコウモリへの曝露によって感染する可能性があることを示唆する証拠もあります。
