個人の保護対策と保菌者の環境管理に加えて、 日本脳炎は予防接種によって予防することができます。
米国でFDA（食品医薬品局）により承認され、EMEA（欧州医薬品庁）により承認されたイキシアロワクチンは、三角筋領域（上腕）に筋肉内投与されます。最初の接種から4週間後に接種されます。 予防接種を有効に行うためには、予防接種のコースは日本脳炎ウイルスに接触する可能性がある少なくとも1週間前に完了しなければなりません。
日本脳炎ワクチンは、伝染病が伝染する可能性が最も高い季節に、 流行地域で長期間屋外に滞在する旅行者に推奨されます。 しかし、妊娠中や授乳中の18歳未満の人には適応されません。
