胃の内容物の強い酸性度は胃をウイルスやバクテリアにとって特に敵対的な環境にします。 1つの種、 ヘリコバクターピロリのみが、安定して生存し、ヒトの胃粘膜に定着することに成功しています。 残りのために、摂取された微生物のほとんどは数分以内にすぐに破壊されます。
いくつかのインビトロ研究は、広く効果的な殺菌作用のためには、ｐＨが特に低くなければならないことを示した。 具体的には、２．０以下のｐＨは一般に全ての細菌を殺す。 しかしながら、食後（細菌が胃を貫通する主な媒体）の存在が一時的にｐＨを４〜５の値に上昇させる一方で、同様の酸性度は空腹時にのみ胃に存在する。
ｐＨが低くなるほど完全な殺菌作用を得るのに必要な時間が短くなるため、時間係数を考慮することも必要であり、逆もまた同様である。 しかしながら、３．５より上のｐＨ値は非常に低い殺菌効果を有し、一方４より上のｐＨはゼロの殺菌効果を有する。
最近の科学的証拠は、胃の酸性度に加えて - ペプシン（タンパク質消化に関与するタンパク質分解酵素）によっても殺菌活性がどのように決定されるかを示しています。 デフェンシンおよびラクトフェリンなどの胃液中に存在する特定の酵素によっても、いくつかの抗生物質活性が発揮される。
微生物学的な面では、胃液の殺菌活性に対する様々な微生物の生存は、いくつかの食品成分との関連によって支持され得る。 例えば、サルモネラ菌の毒性は、タンパク質食品（卵や肉など）が混入した状態で消化管内に導入された場合に明らかに優れていることが示されています。
明らかに、制酸剤またはプロトンポンプ阻害剤を使用しても胃のpHが下がると、胃の中のバクテリアの生存が促進されます。 さらに、細菌負荷（摂取される細菌の数）が増加するにつれて、いくつかの微生物が生き残る可能性もまた増加する。
毒素や胞子の問題も考慮する必要があります。 毒素はバクテリアやその成分によって生成される物質であり、バクテリアが胃酸によって殺された場合でもダメージ（食中毒）を引き起こす可能性があります。 代わりに胞子は静止状態であり、その中では環境条件が不利であるときにバクテリアの中には退行するものがあり、状況が許す限りただちに再活性化される。 例えば、 クロストリジウム・ディフィシルの胞子は、そのまま胃酸度を超え、その後胃で発芽します。
細菌と比較して、ウイルスは一般に胃の酸性環境を生き残る可能性がより高い。 当然のことながら、 ノロウイルス （Norwalkウイルス）、 ロタウイルス 、 アストロウイルスおよびアデノウイルスに属するウイルスは、しばしば感染性下痢型（ウイルス性胃腸炎）の出現に関与している。
