糞便のpHは通常中性またはわずかにアルカリ性です（6.8 - 7.5）。 新生児に限って生理学的なより酸性の便は、腸感染症（大腸菌、ロタウイルス）、または乳糖や脂肪不耐性などの消化器疾患（膵臓機能不全や胆汁うっ滞による脂肪便症）を示すことがあります。
腐敗性食欲不振症の存在下で糞便のpHが上昇する傾向がある場合、その原因は炭水化物の過剰摂取または吸収不良（セリアック病）にあると考えられる発酵性食欲不振症の存在下で低下する傾向がある。 。 大量の脂質摂取があっても、ベジタリアンダイエットや長期の空腹時には、便のpHは酸性になります。
検査結果を歪めることを避けるために、便は尿で汚染されてはならず、そして尿中アンモニアおよび腐敗細菌が糞便pHをアルカリ性にするのを防ぐために急速に冷蔵されなければならない。
